Mức phí nêu trên tính theo lần thẩm định cấp/cấp lại giấy phép môi trường. Mức phí không bao gồm chi phí đi lại của đoàn kiểm tra thực tế tại cơ sở và chi phí lấy mẫu, phân tích mẫu chất thải theo quy định.
Tổ chức thu phí nộp toàn bộ số tiền phí thu được vào ngân sách nhà nước (NSNN). Nguồn chi phí trang trải cho việc thực hiện công việc và thu phí do NSNN bố trí trong dự toán của tổ chức thu phí theo chế độ, định mức chi ngân sách.
Trường hợp các dự án, cơ sở đề nghị cấp, cấp lại GPMT, trong đó có lồng ghép nhiều nội dung đề nghị cấp phép, bao gồm thực hiện dịch vụ xử lý chất thải nguy hại, nhập khẩu phế liệu làm nguyên liệu sản xuất và các nội dung khác: Mức phí được xác định là mức phí đối với dự án, cơ sở cao nhất quy định tại biểu mức thu phí thẩm định cấp GPMT.
Trường hợp tổ chức thu phí là cơ quan nhà nước được khoán chi phí hoạt động từ nguồn thu phí theo quy định tại khoản 1 Điều 4 Nghị định số 120/2016/NĐ-CP của Chính phủ quy định chi tiết và hướng dẫn thi hành một số điều của Luật Phí và lệ phí được trích lại 90% số tiền phí thu được để trang trải chi phí cho các nội dung chi theo quy định tại Điều 5 Nghị định số 120/2016/NĐ-CP; nộp 10% tiền phí thu được vào NSNN theo quy định.
Bộ Tài nguyên và Môi trường, Bộ Công an, Bộ Quốc phòng và các cơ quan nhà nước ở trung ương được giao thực hiện thẩm định cấp giấy phép môi trường là tổ chức thu phí theo quy định tại thông tư này.
Vụ KHTC